Sinh viên theo học tại UEL được chăm sóc sức khỏe tại cơ sở học Linh Xuân, Linh Trung và tại Ký túc xá ĐHQG-HCM. 

Phòng Y tế của trường nằm trong Tòa nhà điều hành và học tập của trường ở Phường Linh Xuân, Thủ Đức. Phòng Y tế có 1 bác sĩ với đầy đủ các thiết bị, thuốc men có khả năng chữa trị các bệnh thông thường và sơ cấp cứu khi cần thiết, hoạt động trong giờ hành chính.Riêng sinh viên học tập tại cơ sở Linh Trung được chăm sóc sức khỏe tại Phòng Y tế của Trường ĐH Khoa học tự nhiên trong khuôn viên của trường (dãy C – D).

Trạm y tế nằm đối diện với dãy nhà A7 (khuôn viên Ký túc xá ĐHQG-HCM – khu A), có phòng cấp cứu, phòng nội tổng quát, phòng răng hàm mặt, phòng tiếp nhận bệnh nhân, cấp phát thuốc và 05 phòng lưu bệnh. Trạm y tế được cơ quan BHYT ký hợp đồng khám chữa bệnh ban đầu; đảm nhiệm công tác chăm sóc sức khoẻ cho CBCNV, sinh viên các trường, đơn vị trực thuộc ĐHQG-HCM đang công tác, học tập tại khu vực Thủ Đức – Dĩ An và sinh viên nội trú tại KTX. Ngoài ra Trạm y tế còn đảm nhiệm công tác vệ sinh an toàn thực phẩm, vệ sinh phòng dịch.

Trạm có đội ngũ y, Bác sĩ đảm bảo trực cấp cứu 24/24 và giải quyết các ca bệnh đột xuất ngoài giờ hành chính. Có xe cứu thương chuyên dụng thường trực để chở bệnh nhân lên tuyến trên khi cần thiết.

 Sinh viên đến khám chữa bệnh tại Trạm y tế cần mang theo sổ khám bệnh, thẻ BHYT và giấy tờ tuỳ thân có ảnh. Trạm y tế khám bệnh, cấp phát thuốc trong giờ hành chính, ngoài giờ chỉ giải quyết các trường hợp cấp cứu. Tuy vậy, nếu vì những lý do khách quan, sinh viên đến khám bệnh ngoài giờ, Trạm y tế vẫn xử lý, hướng dẫn sơ bộ và hẹn sinh viên ngày hôm sau đến khám và điều trị theo qui định. Khi có nhu cầu khám chữa bệnh ở các cơ sở y tế tuyến trên, sinh viên cần đến Trạm làm thủ tục chuyển viện vào giờ hành chính để thuận tiện cho việc thanh toán BHYT.

Ngoài ra, Phòng tư vấn tâm lý – sức khỏe nữ sinh viên tại lầu 1 Trạm y tế giải đáp các thắc mắc, tư vấn miễn phí cho nữ sinh viên các vấn đề về tâm lý, sức khỏe.